Der Deutsche Kranzenzian Gentianella germanica und der Rhätische Kranzenzian Gentianella rhaetica unterscheiden sich von ähnlichen Arten wie z.B. Gentianella anisodonta, Gentianella austriaca, Gentianella lutescens, Gentianella ramosa, und einigen weiteren durch einigermaßen gleich große, glatte und unbehaarte Kelchzähne.
Es gibt Pflanzen, die wie der Deutsche Kranzenzian aussehen in den zentralen und östlichen Alpen, aber auch in verschiedenen Kalk-Mittelgebirgen außerhalb der Alpen, z.B. im Schweizer Jura, in Deutschland (z.B. Schwäbische Alb, Frankenalb), in Tschechien, in Belgien, und sogar in Großbritannien. Die Populationen innerhalb und außerhalb der Alpen unterscheiden sich genetisch beträchtlich, deshalb wurden die alpinen Populationen als Rhätischer Kranzenzian  Gentianella rhaetica vom Deutschen Kranzenzian Gentianella germanica abgetrennt. Die morphologischen Unterschiede zwischen den beiden Arten sind eher gering: Bei G. rhaetica ist die Krone 1,5 bis maximal doppelt so lang wie der Kelch, während sie bei Gentianella germanica eher mehr als doppelt so lang ist. Bei G. rhaetica ist der Stiel des Fruchtknotens etwa so lang wie die Kelchröhre, während er bei G. germanica nur etwa ein zehntel bis maximal halb so lang ist.